Zoals verschillende andere gemeenten is ook die van Middelburg vooral ontstaan door een toestroom van
na 1585 uit Antwerpen gevluchte Lutheranen, al zijn er ook aanwijzingen dat er al eerder enigerlei vorm
van organisatie van Lutheranen bestond.
Zo lijkt het in 1586 begonnen doopdoek een vervolg te zijn van een eerder register.
Hoewel hun in 1589 werd verboden huissamenkomsten te houden, beriepen de Lutheranen in 1590 hun
eerste vaste predikant en kregen zij in 1591 als eerste gemeente in de noordelijke Nederlanden vrijheid
van godsdienstoefening.
Het zegel toonde een anker, staande in de golven. In plaats van een oog had dit anker een hart. Het hart vormt een der oudste christelijke symbolen.
De Antwerpenaren kozen dit symbool bewust: zij zouden bij afzwering van hun Luthers geloof hun burgerrechten en handelsvoordelen weliswaar
behouden hebben, maar gaven liever dit alles op en verlieten Antwerpen en daarmee de rooms-katholieke kerk om hun anker uit te werpen in de
Zeeuwse wateren door zich in Middelburg te vestigen.
Maar ook drukte het zegel de spreuk in het wapen der provincie Zeeland uit: ‘Luctor et emergo’ ( Ik worstel en ontzwem).
Het randschrift luidt:
“SIGILLVM : ECCL : AVG : MITTEL.B”
Het randschrift van het kerkzegel betekent:
Zegel ( der gemeente) van de Augsburgse geloofsbelijdenis te Middelburg.
In 1731 werd het zegel vernieuwd: het anker kwam toen op het water te staan maar bleef verder onveranderd. Het jaartal 1731 kwam er ter
weerszijden van. Ook het randschrift bleef ongewijzigd. Later is echter toch weer een cliché in gebruik genomen dat op de oude versie gebaseerd was.
Dit is tot 1990 in gebruik geweest toen Middelburg met de gemeenten van Vlissingen en Groede tot één
nieuwe gemeente samengevoegd werd. Voor de aldus gevormde gemeente is een nieuw logo ontworpen
dat op het middenveld drie zwanen afbeeldt en in de rand de namen van de drie “oude” gemeenten vermeldt.
De zogenaamde avondmaalsloodjes, welke in de Middelburgse gemeente in zwang zijn geweest, werden alleen
gestempeld met het gemeentezegel.